人文初祖殿重建于明朝，曾是祭祀轩辕黄帝的正殿，也是整个古柏大院的主体建筑。1957年到1963年，这里曾经历较大规模的重修，近年来也进行过局部整修。

1955年，南洋华侨领袖陈嘉庚时隔15年二次祭拜黄帝陵时，目睹一派破败景象后，上书毛主席，他在信中写道：“黄帝陵庙无人看管，庙宇木料多已腐坏，势将倾塌。院中草地，多为农民耕种，陵山附近，私坟如鳞……”。此信引起了中央政府的高度重视，毛主席阅后批示周总理交有关部门尽快处理，周总理批示时任国务院秘书长习仲勋同志负责办理：“黄陵应明令保护和修缮。

1955年，南洋华侨领袖陈嘉庚时隔15年二次祭拜黄帝陵时，目睹一派破败景象后，上书毛主席，他在信中写道：“黄帝陵庙无人看管，庙宇木料多已腐坏，势将倾塌。院中草地，多为农民耕种，陵山附近，私坟如鳞……”。此信引起了中央政府的高度重视，毛主席阅后批示周总理交有关部门尽快处理，周总理批示时任国务院秘书长习仲勋同志负责办理：“黄陵应明令保护和修缮。